Natto được biết đến bởi độ dính và mùi độc đáo của nó.
Các thành phần mùi hương được tạo ra trong quá trình lên men Natto, có 68 loại thành phần mùi. Mùi của natto không dựa trên một chất, mà là hỗn hợp mùi của nhiều chất do Bacillus natto tạo ra trong quá trình lên men, và tất cả chúng đều được trộn vào nhau làm nên mùi đặc trưng chỉ có ở Natto. Chúng là pyrazine, diacetyl, axit béo phân nhánh thấp hơn và amoniac.
Pyrazine mùi thơm phức được tìm thấy trong nhiều loại thực phẩm: hạnh nhân rang, nước tương, ca cao, bánh mì, khoai tây chiên và miso.
Diacetyl là thành phần chính mùi thơm của bơ, và trong nhiều loại thực phẩm như cà phê, bia, mật ong, nước tương, rượu sake và giấm, nhưng khi làm bia hoặc rượu sake.
Các axit béo phân nhánh thấp hơn chứa một mùi thường được gọi là "mùi màu mỡ", Axit béo phân nhánh thấp hơn này được tạo ra từ các axit amin có trong đậu luộc nhờ hoạt động của Bacillus natto.
Amoniac có mùi hăng nồng. Với Natto thông thường, mùi amoniac không quá rõ ràng, nhưng với Natto đã lên men quá nhiều thì mùi khá nồng. Điều này là do Bacillus natto phân hủy các axit amin.
Có rất nhiều thành phần có trong hạt natto nhỏ . Sức mạnh dinh dưỡng của Natto cũng tốt như mùi của nó là đã yêu là không thể xa được.
